25 сентября 1942 года после окончания Энгельской военной авиационной школы его отправили на фронт. В сентябре 1942 года сержант 944 полка совершил боевой вылет над Сталинградом. Здесь же он получил первую боевую награду — медаль «За отвагу».
В 1944 году Муса Гареев назначен командиром эскадрильи 76-го гвардейского штурмового авиационного полка 1-й гвардейской штурмовой авиационной дивизии 1-й воздушной армии 3-го Белорусского фронта. Участвовал в кровопролитных сражениях на Донбассе, в Крыму, Белоруссии, Литве, Польше, Восточной Пруссии. Штурмовик атаковал вражеские аэродромы и железнодорожные узлы, оборонительные укрепления и артиллерийские батареи. Эскадрилья капитана Гареева произвела 655 боевых вылетов.
23 февраля 1945 года Муса Гайсинович «за героизм, мужество и отвагу, проявленные в боях с немецкими оккупантами», за успешно произведенные 164 боевых вылета на самолете Ил-2 был представлен к высшей правительственной награде и присвоению звания Героя Советского Союза.
А 19 апреля 1945 года Муса Гареев, штурман авиационного полка, «за образцовое выполнение боевых заданий, командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками» награждается второй медалью «Золотая Звезда».
1 мая на праздничном построении командующий Первой воздушной армией генерал-полковник авиации Тимофей Хрюкин вручил Мусе Гарееву сразу две Золотые Звезды Героя. Это был своего рода уникальный случай.
Всего за время Второй мировой войны Муса Гареев совершил 250 боевых вылетов. Войну закончил майором, штурманом полка.
Муса Гареев был участником исторического Парада Победы в Москве 24 июня 1945 года. После окончания войны отважный летчик-штурмовик командовал авиационным полком. В 1951 году окончил Военную академию имени Фрунзе, в 1959 году – Военную академию Генерального штаба. Знаменитый летчик служил в авиационной дивизии особого назначения и, выполняя спецзадания, облетел почти весь мир.
В 1964 году в звании полковника ушел в запас и семья Гареевых переехала на родину. В столице Башкортостана полковник Муса Гареев занял должность председателя Башкирского обкома ДОСААФ. При нем региональное отделение организации стало одним из лучших в стране. В годы его деятельности республика достигла высоких результатов в технических видах спорта, особенно в мотоспорте. За заслуги в подготовке молодежи к военной службе Муса Гареев был удостоен ордена Трудового Красного Знамени. Как вспоминают коллеги, Муса Гайсинович был честным, мудрым и скромным человеком, всем был готов помочь, а для себя привилегий не добивался.
Муса Гареев много раз избирался депутатом Верховного Совета СССР и Верховного Совета БАССР. Удостоен звания «Почетный гражданин города Уфы». Активно участвовал в становлении ветеранского движения республики, часто встречался с молодежью. В 1973 году опубликовал автобиографическую книгу «Штурмовики идут на цель».
Умер 17 сентября 1987 года, похоронен в уфимском парке Победы.
В читальном зале юношеской модельной библиотеки оформлена книжная выставка посвященная 100 – летию Мусы Гареева “Очарованный небом”.
